临床医学系从1956年建校以来开设有医士专业和乡村医生专业，迄今已有60多年的办学历史。2006年升格为遵义医药高等专科学校后，正式更名为临床医学系，并开始设临床医学专业（专科）。临床医学系现开设有口腔医学和临床医学2个国控专业，其中临床医学专业是我校重点建设专业，是省级重点建设示范专业、省级示范型人才培养专业。目前在校学生达1700余人。该专业主要面向城镇社区和农村基层医疗卫生机构，培养具有必备的临床基础理论和专业基础知识，熟练掌握临床各专业领域实际工作基本能力的高素质医疗卫生技能型人才。
临床医学系设有内科、外科、妇产科、儿科、五官科、全科、病理、法医学、口腔等十个教研室，建有《诊断学》、《妇产科学》2门校级精品课程,其中《诊断学》课程为省级精品课程，《病理生理学》为国家级资源库课程。
临床医学系拥有完善的校内外实习实训基地，校内实训中心建筑面积约7000M2，为省级校企共建实习实训基地，设有OSCE国家助理执业医师考试实训中心、口腔医学-口腔护理实训中心、外科急救智慧教室、口腔知识科普智慧教室等实训室。其中口腔医学-口腔护理实训中心且均配备示教系统，工学比1:1，且对于实验教学评估，配备红外追踪动作的过程化评估系统，以及准备建设利用大数据分析的结果化评估对于学生实训产品的评估。
现有校内教师306人，其中博士5人，硕士66人，副教授及以上技术职称168人，具有丰富临床治疗和教学经验的双师型教师占80%。教师们有丰富的教学经验和临床指导能力，教学上承担了全校各专业临床类课程的理论教学和实践教学任务，以及乡村医生培训、成人自学考试、职业技能鉴定培训及考核工作。我系教师连续3届参加贵州省青年教师教学大赛分别荣获二、三等奖。内科教研室的诊断学教学团队获贵州省职业院校教师教学能力大赛二等奖，曾获遵义市五一劳动奖章、遵义市巾帼标兵岗、遵义市巾帼标兵、遵义市优秀教师等多项荣誉称号。临床医学系执业助理医师考试过关率一直名列贵州前茅。2021年口腔助理执业医师总通过率达55.81%，超全国平均通过率13个百分点，其中医学综合板块考试成绩通过率达63.16%，超全国通过率最高学校1.4个百分点。临床助理执业医师综合考试通过率达56.91%，超贵州省平均通过率11.2个百分点，超全国平均水平2.5个百分点。
建系以来，临床医学系坚持走“院系一体、医教结合、共育英才”的专业发展特色之路，将培养德、智、体、美、劳全面发展、专业基础扎实、具有医疗、保健、预防等综合能力的高素质基层医疗卫生人才作为培养目标。
招生就业方面，近五年临床医学系招生都是以第一志愿完成录取，录取分数线均高于专科录取线100分以上，近三年临床医学系学生毕业就业率均在95%以上，临床和口腔医学专业专升本一直稳居贵州省医学类院校第一名，毕业生社会声誉良好。
