临床医学系从1956年建校以来开设有医士专业和乡村医生专业，迄今已有60多年的办学历史。2006年升格为遵义医药高等专科学校后，正式更名为临床医学系，并开设临床医学专业（专科）。临床医学专业是我校重点建设专业，是省级重点建设示范专业，目前在校学生达2600多人。

目前开办有临床医学专业；口腔医学专业。

临床医学系设有内科、外科、妇产科、儿科、五官科、病理、法学、口腔等八个教研室，建有《诊断学》、《妇产科学》校级精品课程。

临床医学系具有较强的师资实力，现有师资392人(含直属附院)，专职教师359人，行政兼教师4人,兼职教师20人，实验员6人，辅导员3人；其中副高以上职称219人，中级职称97人；有博士11人，硕士70人，双师比例为75%。还聘请了行业医院部分一线高职称医生承担临床教学工作。教师们有丰富的教学经验和临床指导能力。教学方法多措并举，注重学生自学能力、动手操作能力、临床思维能力、语言表达能力、人际沟通能力培养；教育学生树立终身学习理念，提高学生的实践能力、创新能力、就业和创业能力。

临床医学系拥有完善的校内外实习实训基地，校内实训中心建筑面积约7000M²，设有内科、外科、妇产科、儿科、五官科、口腔科、病理、法学等实训室，教学设备完备，实验开出率在100%，为省级校企共建实习实训基地。学校有两所二甲以上的直属附院，有43家二甲以上的教学医院，技术力量雄厚，设备先进，管理规范，有力保证了学生专业实践教学的质量。为培养学生的职业技能打下坚实基础。

建系以来，临床医学系坚持走“院系一体、医教结合、共育英才”的专业发展特色之路，将培养德智体美全面发展、专业基础扎实、具有医疗、保健、预防等综合能力的高素质基层医疗卫生人才作为培养目标。培养融预防、医疗、保健、康复、健康教育、计划生育“六位一体”的，面向城镇社区和农村医疗卫生机构，服务基层医疗卫生需求的，下得去、用得上、留得住的技能型医学人才。

招生就业方面，近五年临床医学系招生均以第一自愿完成录取，报到率在80%以上，毕业生就业率连续三年在95%以上。毕业生社会声誉良好，在基层医疗单位广受欢迎。